Barn utvecklar sitt kön på olika sätt. Kanske föreställer vi oss att då ett barn exempelvis föds som flicka börjar det tidigt förstå att det är en flicka och agera och känna som en flicka. Även om barnets utveckling motsvarar det vi antar så har barnet ofta ett mer flexibelt kön, varierande roller och intressen än vad uppfostringsmiljön noterar eller stöder. En del barn utvecklas i konflikt med dessa sociala förväntningar, till exempel då en flicka är som en pojke eller en pojke är som en flicka.
Utvecklingen när barnet får en egen känsla av att det är flicka eller pojke kallas könsidentifiering, att få en könsidentitet. I könsidentiteten ingår personens egen uppfattning om hurdan hen är som flicka, pojke eller någon annan form av kön. Den här identiteten lever och förändras under hela livet. Ofta förändras ändå inte personens grundläggande identifikation som flicka eller pojke, man eller kvinna. Därför kallas det här en kärnidentitet kopplad till kön. Hos de flesta människor utvecklas den här kärnidentiteten tidigt, ungefär i treårsåldern.
En del barn, speciellt pojkar, utvecklar två könstillhörigheter. Ett sådant barn är ibland pojke och ibland flicka. Genom att leva ut en flickroll kan barnet uttrycka alla de tendenser och känslor som kanske inte godkänns hos pojkar i barnets uppväxtmiljö. Även en flicka kan uppfatta sig vara både flicka och pojke.
Alla människor har inte en könsidentitet. Det kan ha att göra med att barnet inte är som en flicka eller som en pojke. Det är å ena sida som en flicka och å andra sidan som en pojke. Barnet identifierar sig inte med något av dessa två kön. Som ung eller vuxen kan en del sådana barn kallas transgender, andrakönade, mångkönade eller könlösa. Ibland saknar människor som barn en tydlig könsidentifikation, men kan i tidig eller sen ungdom bygga en könsidentitet som kvinna eller man. Ibland är upplevelsen av könlöshet en permanent del av personens identitet under hela livet.
Då barnet starkt upplever sig tillhöra ett annat kön än det som andra människor uppfattar hen som, sägs det att barnet upplever könsinkongruens. Eftersom människor utifrån från barnets kropp tror att barnet är en flicka eller en pojke, kan barnet börja känna att dess kropp är främmande eller inte passar hen. Om den här upplevelsen fortgår från barndom till ungdom kan det handla om att personen är transkönad.
Barnet kan uttrycka sig verbalt: ”kan en magisk fågel komma och ändra hur jag ser ut”, ”jag ser ut som en pojke, men känner mig som en flicka”, ”varför ser du inte mamma att jag är en pojke” eller ”jag har inte bestämt än om jag ska bli en farmor eller farfar när jag blir stor”. Barn uttrycker sig inte alltid verbalt, de kan även uttrycka sig genom handlingar. Barnet föreställer sig sin kropp som annorlunda kropp än den i verkligheten är, till exempel att en flickkropp har en penis. Barnet föreställer sig att dess kropp ändrar form och att det snart kommer att tillhöra ett annat kön. Barnet försöker kissa som det motsatta könet. Barnet väljer ofta leksaker, lekar och fantasifigurer som är typiska för det andra könet. Barnet kan vägra ha kläder som inte passar det kön hen upplever sig tillhöra.
Ingen kan orsaka någon annan en transupplevelse. En människa kan inte heller ändra sin egen könsupplevelse även om hen försöker. Det handlar inte heller om att någon misslyckats med uppfostran av barnet. Barnet kan inte styras in i ett kön som inte passar det efter att barnet redan fått en upplevelse av sitt eget kön. Man kan förstås styra barnets uppförande, och uppväxtmiljön kan få barnet att ”spela” det kön som barnet inte upplever sig tillhöra. Det gör att barnet inte mår bra. Om barnet försökt anpassa sig till det kön det hade vid födseln genom att spela ett kön är det inte nödvändigtvis föräldrarnas fel, utan en bredare kulturell omgivning påverkar också. Barnets vänner och huruvida det i skolan finns utrymme för en mångfald av kön kan till exempel kraftigt påverka barnet.